兩漢時期為扶馀國的屬地；扶馀滅亡后，從南北朝到隋唐初期，屬靺鞨地；唐代，接受渤海國稱號時，屬渤海的扶馀府（今農安）轄境；元代屬開元路轄境（開元路曾在黃龍府，后又遷到今開原）；明代屬奴兒干都司管轄。清康熙九年至二十年（1670－1681年）在吉林省境內修筑柳條邊（俗稱邊墻），防止漢人和蒙古人進入，并在境內設有四個邊門，沿邊墻四個邊門，共置二十八個邊臺，今九臺縣就是這二十八個邊臺之一，是北數第九臺。九臺分上九臺、下九臺。縣城設在下九臺，后改為九臺，成為縣名。1932年設治建縣，1988年撤縣設市，2014年撤市設區。
九臺作為清代柳條邊上的百年古鎮，是關東文化的代表性區域，被譽為“中國薩滿文化之鄉”“中國滿族剪紙藝術之鄉”和“中國鷹獵文化之鄉”。牛連和水墨畫、關云德滿族剪紙、王挺起民俗剪紙享譽海內外。編制實施全域旅游發展規劃，謀劃116個重點項目，2023年全區接待游客達到1500萬人次，同比增長150%，旅游綜合收入實現30億元，同比增長87.5%。
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